Fernandes creció en la academia juvenil de Boavista y comenzó su carrera profesional en 2012, jugando para clubes italianos como Novara, Udinese y Sampdoria, donde desarrolló sus-habilidades generales en el mediocampo. Su carrera dio un giro fundamental en 2017 cuando se unió al Sporting CP, ganando consecutivos premios al Jugador de la Temporada de la Primeira Liga. Estableció un récord para los centrocampistas con 32 goles y 18 asistencias en una sola temporada, llevando al equipo a la recuperación después de un violento ataque de un aficionado en el campo de entrenamiento.
En enero de 2020, Fernandes se trasladó al Manchester United por 55 millones de euros, convirtiéndose rápidamente en el eje del equipo. En su primera mitad-temporada, registró 8 goles y 7 asistencias, estableciendo el récord de la Premier League por la mejor actuación de un fichaje de invierno. Fue nombrado Jugador de la Temporada del Manchester United durante dos años consecutivos y seleccionado para el Equipo del Año de la PFA. Como capitán, ha demostrado un inmenso compromiso, permaneciendo en el club durante un período de inconsistencia y rechazando una oferta de contrato de 200 millones de euros de clubes de Arabia Saudita para apoyar la reconstrucción del United. En 2025, alcanzó la marca de los 100 goles con el Manchester United, convirtiéndose en el jugador número 23 en la historia del club en lograr esta hazaña, y ayudó a Portugal a ganar nuevamente el título de la Liga de Naciones de la UEFA.
En el campo, Fernandes combina destreza en la creación de juego con remate clínico. Ha acumulado 98 goles y 86 asistencias en 290 apariciones con el Manchester United y ganó el premio al Rey de Asistencia de la Liga de Campeones de la UEFA con 7 asistencias en la temporada 2021-22. El 16 de diciembre de 2025, anotó un tiro libre y brindó una asistencia en el empate 4-4 del Manchester United contra el Bournemouth, ganando el premio al Jugador del Partido y continuando encarnando el "espíritu del Diablo Rojo" a través de sus actuaciones.
